PTGui: одна из причин несовмещения

Люди.

Бывает, что уже выставил все возможные точки для всех плохо стыкующихся пар. А совмещения всё равно нет. Тогда нужно последовательно просмотреть все пары изображений и проверить, не проставил ли автомат контрольные точки на людях или других движущихся объектах. Если да, то kill 'em all. Control Points Assistant тут не помощник: у таких точек distance может быть просто замечательным, в противовес выставленным вами абсолютно правильным точкам.

Если снимали с рук или с приравненных к ним штативов без специальных панорамных головок, не забудьте включить по максимому оптимизатор:

Настройки доступны в Advanced²™ mode: сначала включаете Advanced на главной закладке, потом включаете Advanced на закладке оптимизатора.

Далее Project: Initialize and Optimize (Alt-F5). После этого Control Point Assistant будет давать чуть более вменяемые результаты.